Szczegółowe zasady funkcjonowania szkoły określa prawo oświatowe* oraz Statutu Zespołu Szkół Ponadgimnazjalnych im. Jana Pawła II w Lipsku.

Do szkoły uczęszczają dzieci w wieku: 16-20.

Podstawową jednostką organizacyjną szkoły jest oddział.
W szkole jest 18 oddziałów.
Oddziałem opiekuje się wychowawca oddziału.

Szczegółową organizację wychowania, nauczania i opieki w danym roku szkolnym określa arkusz organizacji szkoły opracowany przez dyrektora i zatwierdzany przez organ prowadzący.

Organizację pracy szkoły określa ramowy rozkład dnia/plan lekcji.

Szkoła czynna jest w godzinach: 6.30 – 16.00.
Biblioteka czynna jest w godzinach: 7.00 - 15.00.
Internat czynny jest: niedziela od godziny 15.00 do piątku do godziny 16.00.

Szkoła funkcjonuje cały rok, w wyjątkiem obowiązujących świąt oraz zgodnie z ogłoszonym przez Ministra Edukacji Narodowej Kalendarzem roku szkolnego.